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- LUCHA AHORA
Al entrar debes elegir si la lucha va a ser entre 1 jugador contra la máquina o dos jugadores (ésta última sólo si tienes 2 mandos conectados). Después puedes elegir el nivel del contrincante si juegas en el modo de un jugador. Al entrar en "Lucha Ahora", la consola te asignará 6 pokémon (no los podrás elegir tú). De esos seis pokémon tú eliges sólo tres de ellos y lucharás contra otros tres. El jugador que destruya a los tres pokémon del adversario y mantenga alguno de los suyos vivo, ganará el combate.

- CASTILLO DE LÍDERES DEL GIMNASIO
En este modo de juego nos enfrentaremos a todos los entrenadores que aparecían en los gimnasios del Pokémon Oro y Plata (es uno de los principales modos de juego junto con el modo Estadio). Este modo de juego es para un sólo jugador. El objetivo de este modo de juego es conseguir ganar a los entrenadores de todas las ciudades de Johto y Kanto. Si consigues ganar al Alto Mando en Johto deberás ganar a los nueve entrenadores de cada gimnasio de Kanto. En total debes enfrentarte a 38 entrenadores para alcanzar la victoria final.

- BATALLA LIBRE
Puedes luchar contra la máquina o contra otros jugadores (hasta cuatro a la vez). Al entrar en esta opción lo primero que debes hacer es seleccionar el número de jugadores. Podrás elegir tantos jugadores como mandos tengas conectados. Justo después puedes elegir el nivel de dificultad (facil, normal, dificil). Ahora podrás elegir las reglas del combate:

- Todo vale: Tienes total libertad para elegir a tus Pokémon.

- Reglas de Super Copa: Son las reglas definidas para la Super Copa.

- Reglas de Copa Fantasía: Son las reglas definidas para la Copa Fantasia

- Reglas de Copa Desafio: Son las reglas definidas para la Copa Desafio.

- Reglas editadas: Puedes jugar con las reglas que tu mismo hayas editado en la opción editar reglas en el menú de opciones. Después pasas a una pantalla en donde puedes elegir entre los 6 escenarios distintos que hay (a medida que vayas avanzando en el juego aparecerán más escenarios). En el siguiente apartado elegirás a los Pokémon que van a formar el equipo que manejarás para luchar.

Estos Pókemon los puedes coger de los cartuchos de Game Boy (si lo tienes conectados con el Transfer Pak), o de alquiler (el nivel de los pokémon de alquiler variará dependiendo de las reglas que hayas elegído).

Si ya has hecho algún equipo anteriormente verás que en el apartado POKÉMON REGISTRADOS lo indicarán. Entrando en Pokémon Registrados podrás coger uno de los equipos que ya tenías hecho anteriormente.

En esta pantalla elegirás a los 3 Pokémon que van a participar en el combate (si en Reglas has seleccionado Todo Vale, tendrás que elegir a 6 Pokémon).

Al seleccionar los Pokémon tienes la opción de añadirle un objeto aunque no es obligatorio. Este objeto se usaría durante el combate de manera automática, sin tener que elegirlo ni perder un turno.Una vez seleccionado el equipo te aparece un pequeño menú:

- Aceptar

- Registrar: Para elegir este equipo otra vez directamente.

- Cambiar algun Pokémon.

- Cambiar todos los Pokémon.

- Cambiar Objeto.

Si en el combate van a participar cuatro jugadores, cada jugador elegirá sus pokémon. Justo después pasarás a la pantalla previa al combate en donde tiene que seleccionar a los tres Pokémon que van a luchar.

A la izquierda de cada Pokémon verás un botón del mando. Pulsando uno de estos botones elegirás al Pokémon que hay a su lado. Tras elegir a los tres Pokémon te dirán si es correcto o si quieres elegir de nuevo (Sí - Elige de Nuevo). Si eliges que SÍ empezará el combate.

Pulsando el BOTÓN "L" cancelas la última selección que hayas hecho.

Pulsando el BOTÓN "R" y sin soltar uno de los botones con los que eliges los Pokémon, verás la información del Pokémon al que corresponde ese botón (tipo, nivel, ataque, defensa, especial, velocidad, movimientos). Pulsandolo este botón sólo, verás a los Pokémon que llevas elegidos con su nombre en color amarillo y así poder comprobar tu elección.

- LABORATORIO POKéMON
Hay 4 apartados iniciales, si has entrado en la opción Regalo Misterioso puede haber un quinto apartado.

- La máquina de mas a la izquierda es para intercambiar Pokémon de un cartucho de Game Boy a otro, como si fuese con dos Game Boy reales y el cable link. No podrás entrar en esta opción si no tienes dos mandos (con dos transfer pak y dos cartuchos de Game Boy).

- La segunda máquina por la izquierda sirve para cambiar de cartucho de Game Boy, puedes elegir otro cartucho distinto de Game Boy que tengas conectado a un transfer pack.

- La segunda máquina por la derecha es la Pokédex del cartucho de Game Boy. Dentro del Pokédex te darán información sobre los pokémon. En él te indicarán los pokémon que has visto, los que has Cogído y los que tienes (si entre el número y el nombre no pone nada es que sólo lo hemos visto. Si hay una pokéball gris es que lo has cogído pero ya no lo tienes y si hay una pokéball roja es que lo posees).Puedes ver todos los Pokémon que tienes y donde aparecen. Con el botón L puedes buscar un determinado Pokémon y con el botón R puedes cambiar el tipo de orden en la Pokédex.

Al seleccionar un Pokémon hay tres opciones.

- La máquina de mas a la derecha es para organizar objetos y Pokémon. Tiene 5 apartados.

- En el lugar donde están colocadas las Pokéball (arriba a la derecha) te aparecerá el regalo que te hayan dado en la opción Regalo Misterioso. Al entrar en este apartado te aparece una pantalla con el profesor que te dará el regalo obtenido.

- ESTADIO
Al entrar en este apartado verás 4 torneos.

- Copa Fantasia
Para Pokémon de nivel 5. Sólo hay una copa y puedes elegir a los Pokémon que quieras sin sobrepasar el nivel permitido.

- Poké Copa
Para Pokémon de nivel 50-55 Se compone de cuatro copas (Pokéball, Superball, Ultraball y Masterball).

- Súper Copa
Para Pokémon de nivel 100. Podrás usar a tus Pokémon mas poderosos en esta copa. Sólo hay una copa.

- Copa Desafio
Se compone de cuatro copas (Pokéball, Superball, Ultraball y Masterball). No puedes elegir a tu propio equipo, la consola te asignará un equipo de 6 Pokémon y debes intentar ganar el torneo con ellos.