A finales del s. XVIII el mercado se trasladó a la Plaza Nueva (detrás del Muelle), colocando los puestos de verduras en la Plaza de los Remedios y el resto en la Plaza de Atarazanas, y prohibiéndose los puestos ambulantes o provisionales en portales, calles y museos. El mercado al aire libre de Atarazanas quedó establecido en 1805, y en 1831 se construía un tinglado especial para el despacho de pescado que daría lugar a un edificio permanente, terminado en 1840 con un coste de medio millón de reales. Cuando el lugar comenzó a resultar pequeño para las necesidades de la ciudad se trasladaron los puestos de frutas y verduras a la Plaza Nueva, dejando en Atarazanas las panaderías, carnicerías, venta de tocino, queso, manteca, aves, animales vivos y frutos secos, además de puestos que vendían ropa nueva. Este mercado se mantuvo en funcionamiento hasta 1903, año en que se inauguró el Mercado de la Esperanza.

El solar donde se asienta el Mercado era antiguamente parte de la huerta y convento que tenían allí los franciscanos; en la desamortización de 1837 pasó a ser propiedad del Ayuntamiento, y en el año siguiente se abrió la calle Isabel II, quedando en la zona norte una plazuela que más tarde se denominó Plaza de la Esperanza. Posteriormente el solar sería el emplazamiento del cuartel de San Francisco, y el 22 de junio de 1894 el Ayuntamiento compraba los terrenos al entonces llamado Ramo de Guerra por 216.593 pesetas, con la intención de construir un edificio de mayor capacidad al existente en Atarazanas. El proyecto fue realizado por los arquitectos Eduardo Reynals y Juan Moya en 1897, obteniendo una medalla de la Academia de Bellas Artes de San Fernando. De estilo modernista, el edificio de dos plantas se construyó a partir de una estructura metálica, con muros de fachada de sillería y cubierta de teja sobre entramado metálico, ocupando una superficie de 2.267 metros cuadrados. Las pescaderías de trasladaron a la planta inferior desde su ubicación anterior en Atarazanas después del incendio de 1941.

El Mercado de la Esperanza, conocido popularmente como la Plaza de la Esperanza, fue inaugurado oficialmente el 10 de abril de 1904, y desde entonces ha experimentado tres remodelaciones principales, una tras el incendio (cuando el viento destrozó la cristalera del edificio), la segunda a mediados de los 70, cuando se instalaron una nueva cubierta y el alcantarillado, y se hicieron subterráneos los tendidos eléctrico y telefónico, además de instalar ventanales de aluminio dorado y cristales especiales, y la más reciente en 1992, año en que se limpió la fachada y se pintó el interior del edificio, además de cambiar el suelo de la Pescadería; el edificio fue declarado Monumento Histórico Artístico en 1977.

En agosto de 1997 el Mercado se incorpora su web a Internet.

En 1980 se creó la Asociación de Comerciantes del Mercado de la Esperanza (ACMES), en un principio para ofrecer una respuesta colectiva frente a la intención del Ayuntamiento de aumentar las tasas que los comerciantes pagaban por la concesión de sus puestos. Tras organizar la distribución interior del Mercado, este colectivo orientó su actividad hacia la potenciación de este complejo hasta que, en la actualidad, está perfectamente consolidado y pertenece a la Federación Cántabra de Asociaciones de Comercio .

La Asociación también se preocupa de gestionar ante las autoridades competentes las necesidades que tienen los empresarios como reparaciones del edificio, horarios de carga y descarga, o la necesaria limpieza del mercadillo exterior. Este colectivo empresarial mantiene una estrecha relación con diversas instituciones así como con otros mercados de abastos de diversas ciudades españolas para mejorar la atención al cliente. Hoy día la Asociación agrupa a los 166 puestos del Mercado, distribuidos en un área de 1427 metros cuadrados, lo que hace del Mercado de la Esperanza la superficie comercial más grande de Santander dedicada a la alimentación, y una de las más amplias de la región.