La presencia española en el Sahara Occidental, de forma relativamente estable, se remonta a finales del siglo XIX con la ocupación de Río de Oro en el año 1884. Sin embargo, habrá que esperar a la década de los treinta para que la colonización del territorio comience a hacerse efectiva, al extenderse a lo largo y ancho de la zona de soberanía española, que hasta esos momentos había limitado su presencia colonial a escasos puntos costeros.
Este proceso de ampliación efectiva comienza en 1934 con la ocupación de Smara, la ciudad que a finales del XIX fundó Ma el Ainin, personaje de gran influencia religiosa y política entre los saharauis y abanderado en la lucha contra la presencia francesa en Marruecos y Mauritania. También en ese año se produjo la toma por parte del Coronel Capaz de Ifni. En el año 1938, y como consecuencia del intento español por dominar el interior del territorio del Sahara, el entonces capitán Antonio de Oro Pulido llegó a Aaiun. El fuerte establecido por el citado militar, junto a un cobertizo construido con anterioridad por Moian, miembro de la tribu de los Izarguien, fueron las dos primeras edificaciones de la que pasado los años fue capital de la provincia española del Sahara Occidental. En esta nueva etapa de la colonización del Sahara representó un papel fundamental el interés de Francia por conseguir que el territorio bajo jurisdicción española no sirviera de "santuario" a los grupos de saharauis que venían oponiéndose por las armas a la presencia colonial francesa en el noroeste africano.
Esta extensión de la presencia española supuso el inicio de un proceso que cambió por completo la configuración social y las relaciones económicas hasta entonces vigentes en el Sahara. Del nomadeo se pasaría progresivamente, aunque de forma lenta a la sedentarización de los saharauis, y así lo refleja el censo del año 1974, donde el 82% de la población indígena se encuentra establecida de forma fija en distintos núcleos urbanos. En resumen, tal y como señala Emilio Ontañon, "España no se interesó realmente por el Sahara hasta el año 1934, momento en el que se producen las expediciones de Galo Bullón y de Oro y sólo a partir de 1938 se inició el desarrollo de Aaiun, tras el asentamiento en la margen izquierda de la Saguia el Hamra de Antonio de Oro, por entonces Gobernador de la zona, junto a sus hombres".
Se inició en esos momentos el más importante intento de sedentarización de la población saharaui. Desde los primeros momentos el Aaiun no sólo será un puesto militar de importancia, también se establecerán pequeños comercios y centros administrativos, al tiempo que "se alumbraron fuentes en una y otra margen de la Saguia el Hamra, y se iniciaron los cultivos, tanto por los organismos oficiales, de un modo experimental y de enseñanza, como por los naturales del país que tuviesen conocimientos agrícolas, a los que se les distribuyeron parcelas" . Seis años después de la ocupación por Antonio de Oro del Aaiun, y siguiendo el relato de Galo Bullón, la ciudad contaba ya con "importantes almacenes de sociedades al por mayor, barrio comercial, plazas amplias, calles espaciosas... , escuelas españolas, escuela de Artes y Oficios, hospital, cómodas viviendas y una población indígena que se ha sedentarizado y edifica por su cuenta viviendas para sí y para alquiler, que labra tierras, posee huertas a las que aplica la enseñanza que se les da en nuestra pequeña granja de experimentación, en donde hay instalados además gallineros, vaquería, porquerizas, etc.". Como vemos, la sociedad indígena progresivamente se iba incorporando al nuevo sistema económico que imponía la presencia de los españoles en sus territorios, bien mediante su dedicación a un naciente negocio inmobiliario o con su especialización en actividades agrícolas, sistema en el que algunos veían la posibilidad de huir del modo de vida nómada, siempre sujeto a las difíciles condiciones del Sahara.
El interés español por la explotación de las más que probables riquezas del mineras del Sahara originó el inicio de una serie de expediciones científicas, que comenzaron en el año 1945, si bien hubo un paréntesis en estas exploraciones en los años 1957 y 1958, como consecuencia de la guerra que tuvo lugar en esos años entre el ejército español y las Bandas Armadas de Liberación (B.A.L.) y diferentes grupos saharauis.
La evolución económica y política del Sahara está directamente relacionada con el desarrollo de las diferentes expediciones investigadoras. En función del objeto de estudio de las mismas podemos distinguir tres etapas:
1.- La iniciada en 1941, por Manuel Alía, con el objetivo de estudiar la posible existencia de yacimientos de hierro, fosfatos y otros minerales. Consecuencia de estos estudios será el encargo a la empresa pública ADARO de los trabajos de campo necesarios para la posible puesta en marcha de los yacimientos descubiertos. Así, en 1955, la citada empresa señalaba en su Memoria anual que "por la baja Ley de estos fosfatos y por su situación geográfica no es posible llegar a una explotación remuneradora a los precios actuales, pero hay en este punto un problema de autarquía que tal vez aconseje llevarlo adelante aún con pérdidas".
2.- La segunda etapa vendrá marcada por las prospecciones petrolíferas. Se inició en 1959 y se extiende en su plenitud hasta 1964. El comienzo de esta fase viene marcado por la aprobación, en marzo de 1959, de la Ley de Hidrocarburos. Durante los años 1960 y 1961 las compañías petrolíferas invertirán en investigación casi 3.000 millones de pesetas. Esta situación provocó una importante reactivación económica y un rápido crecimiento del Aaiun, de forma tal que en 1963, José Mª Ríos, Presidente de ENMINSA (Empresa Nacional Minera del Sahara), señalaba que "una de las dificultades mayores con las que se tropezó fue el rápido y desmesurado crecimiento de Aaiun, motivado por la gran importancia de las investigaciones petrolíferas que se llevan a cabo, lo que hacía casi imposible encontrar cualquier clase de alojamiento, tanto para el personal técnico, como para los empleados y obreros" . Sin embargo, esta reactivación fue transitoria, por el escaso interés comercial de los resultados de las investigaciones, en relación con los precios del petróleo en esos momentos.
Las investigaciones petrolíferas, fundamentalmente de CEPSA, llevaron al descubrimiento del yacimiento de fosfatos de Bu-Craa. Esta empresa obtuvo en 1960 nueve permisos de investigación, que afectaban a 2.163.781 hectáreas, siendo uno de los puntos objeto de estudio la zona en la que se encontraba el citado yacimiento. A principios de 1962 CEPSA suspende sus trabajos de campo, para proceder al análisis de los resultados, y en julio de ese mismo año se constituía ENMINSA, si bien desde septiembre de 1961 existía una Comisión del INI, encargada del estudio de las posibilidades mineras del Sahara. Dicha comisión surgió de la entrevista realizada en enero de 1961 entre el Presidente del INI, Sr. Suanzes y los ingenieros Sres. de la Viña y Ríos, siendo presidida por éste último.
3.- La tercera fase se inicia con la constitución en 1962 de la empresa antes mencionada, ENMINSA, y estuvo centrada en la nueva política planificadora del INI sobre el territorio con la posterior constitución, en 1968, de FOSBUCRAA, continuadora de la labor de ENMINSA. Durante esta tercera etapa, el Sahara, y su capital Aaiun, conocieron el momento de mayor desarrollo económico, al aumentar considerablemente su población europea, atraída por las expectativas económicas que generaba el yacimiento de Bu-Craa, al tiempo que se ponía en marcha el Plan de Promoción del Sahara, fundamentalmente destinado a las inversiones públicas en infraestructuras, conducentes a preparar el territorio para el despegue económico que se esperaba como consecuencia de la exportación de fosfatos al mercado mundial. No en vano se preveía que el Sahara se convirtiera en el cuarto productor mundial de fosfatos, tras EE.UU., Marruecos y la URSS.
El fuerte despegue del Sahara se fue haciendo evidente a lo largo de esta etapa, pues se observa un progresivo incremento de los presupuestos destinados a la zona y el continuo crecimiento de la población española asentada de forma permanente en la región.
El desarrollo económico del territorio generaba de forma paralela diferentes situaciones que indicaban que algo comenzaba a moverse en el Sahara y en sus gentes en el camino hacia un futuro al margen del colonialismo español. Los primeros síntomas de disconformidad de la población saharaui con la situación existente se produjeron en los últimos años de la década de los cincuenta. Tras la independencia de Marruecos, en 1956, y al abrigo de la idea del Gran Marruecos propugnado por El Fassi, fundador del movimiento nacionalista marroquí, el partido Istiqlal, se produjeron los primeros enfrentamientos armados entre grupos indígenas y tropas españolas en la totalidad del Sahara Occidental y que ha pasado a ser conocido solamente como la Guerra de Ifni. En ella, las Bandas Armadas de Liberación, grupos integrados por elementos que no se habían integrado en las Fuerzas Armadas Reales (F.A.R), lucharon junto a saharauis con el objetivo de dar fin a la presencia española en el territorio. Diferentes facciones saharauis, fundamentalmente erguibat e izarguien, se alinearon con las posiciones marroquíes, logrando no solo importantes avances sino también el repliegue del ejército español en puntos próximos a la costa del Sahara. La fuerte censura de prensa impidió que la sociedad española tuviese conocimiento de lo que estaba ocurriendo en la colonia africana y sólo las familias de los soldados fallecidos en los combates tuvieron conciencia exacta de lo ocurrido, caso de los cuarenta y dos militares muertos en el combate que tuvo lugar el 13 de enero de 1958 en Edchera, punto a veintidós kilómetros de Aaiun, en el que el Ejército de Liberación infligió un fuerte castigo a las tropas españolas. Diego Aguirre eleva a 152 el total de fallecidos en los enfrentamientos de los años 1957 y 58, a los que añade la cifra de 518 heridos y 53 desaparecidos. La situación en los meses de agosto y septiembre de 1957 queda perfectamente definida por el Gobernador del territorio al afirmar que "Se está creando una fuerza enemiga que ya hoy es posible sea superior a la nuestra y que con los medios de que dispongo no puedo combatir. A Alcubilla (jefe del E.M.C.) le escribí pidiendo medios en personal y transportes, aunque, por lo que me contestó, no parecen muy propicios a dármelos. A esta gente no se les echa como no sea por la fuerza. Poneros de acuerdo con el Ministerio del Ejército y hacer todo lo posible para proporcionarme medios ".
Tras un periodo en el que los españoles no pudieron o no quisieron contrarrestar las ofensivas de las B.A.L., la actuación militar conjunta hispano - francesa, en lo que se denominó OPERACIÓN ECOUVILLON, logró recuperar el territorio cedido y desplazar a la frontera marroquí a los diferentes grupos que venían actuando. En estos enfrentamientos jugó un destacado papel el saharaui Hatri uld Said uld Yumani, chiuj de la facción Bohiat, de los Erguibat, y que será una figura destacada en la historia reciente del Sahara, hasta su fallecimiento en 1997 en Marruecos. Este destacado líder saharaui, inicialmente alineado con los grupos armados, acabará dirigiéndose a las autoridades francesas establecidas en Mauritania en demanda de protección para sus gentes y las de otras tribus. Como más adelante veremos, Hatri uld Said sería en la década de los setenta presidente de la Asamblea General del Sahara y Procurador de las Cortes franquistas, así como hombre de confianza del Almirante Carrero Blanco. En 1975, tras asistir a una sesión de las Cortes en Madrid y realizar una escala en el Aeropuerto de Gando, se desplazó a Marruecos donde se sometió a Hassan II.