El 25 de julio de 1524 Pedro de Alvarado fundó en las inmediaciones de Imoanchóe, capital de los cakchiqueles, la colonia de Santiago de los Caballeros de Guatemala; pero, a raiz de la sublevación de este pueblo de valientes guerreros, la incipiente ciudad europea tuvo que trasladarse provisionalmente a Xepau u Olintepeque, cerca de Quezaltenango.

Dos sucesos importantes ocurrieron en la segunda quincena de febrero de 1525: Tonatiuh sanó de la herida que recibió en la batalla de Acajutla y pudo actuar con más holgura y, además recibió un refuerzo de 200 soldados españoles procedentes de México.

Incontinente, el Adelantado preparó una expedición fundadora hacia Cuzcatlin, la ciudad invicta de los pipiles, y puso al frente de ella a su hermano el capitán Gonzalo de Alvarado, Alcalde 29 del Ayuntamiento de Santiago de los Caballeros de Guatemala. En esta campaña figuraban Diego Holguin, Francisco Diaz, Alonzo de Oliveros y otros muchos colonizadores españoles.

La empresa fue coronada con éxito: alrededor del 11 de abril de 1525 y en las inmediaciones del fuerte indiano de Cuzcatlin, Gonzalo de Alvarado fundó una colonia, con el título de villa y el nombre de San Salvador, y conforme a la usanza de la época, en nombre y representación de su hermano el capitán Pedro de Alvarado, eligió como Alcalde 19 de esta urbe de civilización europea a Diego Holguin.

Muestra del arte Maya de los pobladores de El Salvador.

La iglesia de esta nueva colonia europea, confiada al cura Francisco Diaz, fue colocada bajo la advocación o patronato del Santísimo Salvador o Divino Salvador del Mundo, cuya celebración litúrgica ocurre el 6 de agosto de cada año, rememorando el milagro bíblico de la Transfiguración del Señor en el Monte Tabor.

La primera noticia histórica, de esta colonia, aparece en el Acta del 6 de mayo de 1525 del Ayuntamiento de Guatemala; en ella consta que Pedro de Alvarado compareció y manifestó que no se puede celebrar cabildo, porque están ausentes de la ciudad el Alcalde 21 Gonzalo de Alvarado y los Regidores Pedro Portocarrero, Diego Holguín y Pedro de Valdivieso, y que como Diego Holguín "se fue de esta ciudad a vivir y permanecer en la villa de San Salvador de la cual es Alcalde", nombraba en su lugar a Francisco de Arévalo.

Otro documento que prueba la existencia de la villa de San Salvador en 1525 es una carta dirigida por Pedro de Alvarado a los tenientes de gobernador de México, dada en Santiago de Guatemala el 5 de junio de dicho año, en la que dice: "he conquistado y ganado muchas provincias y en ellas he edificado y fundado la ciudad de Santiago donde yo al presente estoy de muchas personas nobles hijos dalgo (,) demas desde a la rraya (limite) de Pedrarias (Dávila) tengo fundada la villa de San Salvador........

Esta primitiva villa de San Salvador se despobló, probablemente en el año de 1526, a raiz de la formidable y general insurrección de los pueblos indígenas contra la dominación española.

Más, a la luz de las pruebas y deducciones históricas Gonzalo de Alvarado se alza como el legítimo fundador de la capital de los salvadoreños.