La corporación Shinra esta agotando los recursos vitales de nuestro planeta, la energía Mako. Nadie parece poder pararles ya que el gobierno es una simple marioneta en manos de Shinra (incluso tienen un grupo militar llamado SOLDADO) y los ciudadanos de a pie están convencidos que usar la energía Mako es lo mejor para ellos sin darse cuenta de las repercusiones negativas que esto causa al plante ya que estan agotando los recursos vitales con ese despilfarro de energia. 

Cloud, un mercenario despiadado y cruel sin pasado, ex-miembro de Soldado, acepta unirse al grupo de ecoguerreros (Avalancha) que están intentado evitar este robo energético al planeta. En Midgar conocen a Aerith, una florista que cambiara la vida del grupo y que parece tener alguna conexión con los Cetra (para mas información sobre los Cetra, ver sección de Shephirot). Tras escapar de Midgar (medio Shinra esta detrás de ellos después de haber hecho explotar un reactor en la ciudad y otras cosas similares), Avalancha descubre que hay problemas mas grandes para el mundo que los planes de la monopolizadora compañía; el ciclo de la vida puede ser interrumpido debido a la extracción de energía Mako. 

Por si fuera poco, Sephiroth, antiguo miembro de Soldado, ha sido visto cuando todo el mundo creía que había muerto en Nibleheim cinco años atrás. Que esta pasando?? Donde ha estado Sephiroth todo este tiempo?? No había muerto?? En la persecución de Shinra y Avalancha tras Sephiroth, suceden muchas cosas (algunas muy tristes, Aeris) hasta que finalmente le encuentran tras invocar al meteorito que amenaza con la destrucción de la tierra, la cual viendo el peligro despliega unas "Armas" gigantescas para protegerse...

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