Sacerdote y caudillo insurgente, nació en la Ciudad de México, en agosto de 1770. Estudió en el colegio de Santa Cruz y en 1789 se tituló de bachiller en arte y en teología.
En 1811, al promulgarse la guerra de Independencia, se encontraba en Jantetelco, de donde era cura. Fue aprehendido por los españoles, acusado de ser partidario de las ideas liberales. Logró escapar del cautiverio y el 16 de septiembre de 1811 se presentó ante Morelos en la ciudad de Izúcar, actualmente Matamoros, y le ofreció su ayuda.
Morelos le dio el grado de coronel, e inmediatamente formó su tropa. Posteriormente fue el brazo derecho del caudillo, como éste lo expresó. En unión de Nicolás Bravo y de Hermenegildo Galeana, lo acompañó a Cuautla, sitio que se encontraba fortificado. En abril fue comisionado junto con Miguel Bravo para conseguir provisiones para el fuerte, sin embargo fueron atacados por los realistas y Morelos se vio obligado a romper el sitio.
Matamoros se dirigió a Oaxaca en donde expulsó a los españoles que se encontraban fortificados en el convento de Santo Domingo. Posteriormente salió rumbo a Chiapas y derrotó al realista Lambrini. Por esta victoria fue nombrado teniente general; después prosiguieron sus triunfos, hasta que Iturbide venció a Morelos en Valladolid.
El español Llano resuelto a terminar con la campaña se dirigió a Puruarán; en el camino se enfrentó con Matamoros quien defendía un puesto.
Morelos, con su tropa, se retiró a la hacienda de Santa Lucía y Matamoros fue hecho prisionero por los realistas.
Se le enjuició; sentenciado a muerte y ejecutado en Valladolid el 3 de febrero de 1814.
